Użytkownik "Cezary Zekanowski" <c...@w...com.pl> napisał w wiadomości
news:9qkupb$m0s$1@pippin.nask.waw.pl...

> Caly czas mam wrazenie, ze przynajmniej niektorzy z nas odkrywaja ciagle
> Ameryke pod poduszka. To, ze skrining CF ma poziom wypadkow falszywie
> negatywnych 5-10% to wiadomo z literatury.

Po pierwsze, to z literatury wiadomo, ze w krajach, w ktorych dotad
wprowadzano badania przesiewowe, przypadkow "falszywie negatywnych" jest nie
5-10, a 10-15% (raport European Society of Human Genetics, Public and
Professional Policy Comittee z zeszlego roku), a i to przy zalozeniu, ze
uzyta metoda weryfikacji byla znacznie doskonalsza, niz ta ktora
zastosowano w Polsce ;-) We wszystkich tych krajach czestosc delF508
(mutacji najczesciej analizowanej w wiekszosci procedur przesiewowych) jest
znacznie wyzsza niz w Polsce, co wskazuje na to, ze spodziewana efektywnosc
podobnej procedury w Polsce bedzie nizsza (a o ile nizsza, to bedziemy mogli
sie dowiedziec po poznaniu wynikow sensownie zaprojektowanego badania
pilotazowego).

Po drugie, 10-15 % wynikow "falszywie negatywnych" udalo mi sie
zidentyfikowac (przy moich dosc ograniczonych mozliwosciach!) w momencie,
gdy oficjalne dane mowia o 0% takich przypadkow. Balbym sie oczywiscie
sugerowac jednoznacznie, ze w momencie gdy oficjalne wyniki zaczna zblizac
sie do 10%, to rzeczywiste liczby beda wowczas kilkukrotnie wyzsze, ale
kazdy chyba przyzna, ze przedstawione dane musza nastrajac nieco
sceptycznie. Zwlaszcza, z systematyczna (zamiast wyrywkowej) "niezalezna"
weryfikacja wynikow przesiewu moglaby prawdopodobnie ujawnic znacznie wiecej
takich "falszywie negatywnych" wynikow.

Po trzecie wreszcie, ostateczna liczba wynikow falszywie negatywnych moze
ulec znacznemu zwiekszeniu, gdy wyjda na jaw przypadki CF diagnozowane w
pozniejszym wieku (> 1 roku).

> Poniewaz w Australii robia IRT,
> delF508, test potowy i badanie lekarskie, jako jedna z przyczyn wiekszego
> procentu falszywie ujemnych w tym regionie podal wlasnie roznorodnosc
> etniczna populacji i mniejsza czestosc delF508 (7.3% chorych z jego
kliniki
> nie ma mutacji delF508, reszta ma jedna lub dwie).

Czy nie oznacza to, ze skoro w Polsce liczba chorych bez delF508 wynosi
wedlug roznych szacunkow od 14% (wedlug Ryszarda) do 23% (dane PRM), to
nalezy sie spodziewac jeszcze gorszych wynikow? Oczywiscie, to ze sam test
genetyczny daje trzy razy wiecej wynikow falszywie ujemnych, nie oznacza
jeszcze automatycznie, ze tyle samo ich bedzie w ostatecznym rozliczeniu, bo
nalezy chociazby uwzglednic osoby bez delF508, ktore wypadna pozytywnie na
dwoch testach IRT i w tescie potowym, ale tutaj znowu nie znamy odpowiednich
liczb, zeby to oszacowac.

> Z 275 chorych o ktorych pisze (bez niedroznosci smolkowej) srednia wieku
> diagnozy wynosi 6 tygodni (zakres 1-416 tygodni), diagnoza w 95% zostala
> potwierdzona przed 16 tygodniem.

Wedlug danych z W. Bryt. roznica miedzy srodkowym (mediana) wiekiem diagnozy
w grupie poddanej przesiewowi i grupie kontrolnej wynosi zaledwie 1 miesiac
(!) - 57,5 dni vs. 90 dni (Dodge JA, 1999, Acta paediatr Suppl 432:28). Nic
dziwnego wiec, ze skoro przesiew daje niewielkie przyspieszenie diagnozy dla
wiekszosci chorych (a dla wielu w ogole nie przyspiesza tej diagnozy), to
korzysci z jego wprowadzenia nie sa dla wszystkich oczywiste. Przypomne tez,
ze nawet niektorzy czolowi zwolennicy wprowadzenia przesiewu przyznaja, ze
nie udalo sie dotad jednoznacznie wykazac, ze wprowadzenie przesiewu w
istotny sposob wplywa na polepszenie stanu zdrowia chorych dzieci.

> Wniosek dr Fitzgeralda jest prosty: lekarze powinni pamietac, ze choc
> przesiew identyfikuje wiekszosc przypadkow CF, to zdarzaja sie i pozne
> diagnozy (zaden test nie jest absolutny), i wszelkie niepokojace objawy,
> ktore moga byc charakterystyczne dla CF powinny byc rozstrzygane testem
> chlorkowym przez lekarza podejrzewajacego CF.

Tutaj znowu warto powrocic do bardziej teoretycznego pytania, jakie zadalem
juz wczesniej (i nie uzyskalem odpowiedzi), a mianowicie: Jakie konkretne
kryteria powinien spelniac test przesiewowy, zeby jego wprowadzenie mozna
bylo uznac za uzasadnione.

> Jesli chodzi o genotypy i inne szczegoly owych przepuszczonych dzieci to:
> delF508/3849+10kb (IRT 178 ug/ml; 22 Cl mmol/L wstepny, 40 koncowy 4 mc
> diagnoza)

To przyklad na to, ze nawet test chlorkowy, uwazany przez niektorych za
"ostateczny", daje wyniki falszywie negatywne (warto by oczywiscie znac
dokladne liczby na temat skutecznosci testu potowego).

> delF508/inna (IRT 360; wstepny nie; 95 koncowy; diagnoza 12 lat)

Zwrocmy uwage na wiek diagnozy (co potwierdza moje przypuszczenia, ze wyniki
flaszywie negatywne beda ujawniac sie nawet kilkanascie lat po wykonaniu
testu przesiewowego).

> delF508/delF508 (IRT 126, nie wykonany wstepny; 89, 2.5 roku).


Czy w tym wypadku odrzucono podczas przesiewu diagnoze CF pomimo wykrycia
dwoch mutacji delF508 i podwyzszonego poziomu IRT? Na jakiej podstawie?

> Przyczyny przepuszczenie:
> blad ludzki,
> test chlorkowy <60 mmol/L - np. mutacje rzadkie R117H, o ktorej pisalem
juz
> ze warto ja wlaczyc do podtestu geentycznego. Np. przypadek nr 2 zostal
> wylapany przez IRT, potwierdzoiny jedna delF508 ale przepadal po tescie
> chlorjkowym (czyli: wszystko trzeba widziec lacznie, a nie jak ci straszni
> mieszczanie - osobno).

No wlasnie. Wiec jakie kryteria nalezy wedlug Ciebie przyjac, zeby unikac
takich wpadek (pytam juz o to po raz kolejny). Tylko prosze, nie pisz wiecej
o ogolnej ocenie lekarza, jako ostatecznym kryterium.

> (moj Boze - dlaczego ja robie za lekarza!)

Watpie, zebys doczekal sie odpowiedzi.

> Niekoniecznie:
> ojciec AB
> matka CD
> dziecko 1 AD
> dziecko drugie BD
> mozna zalozyc, ze AB to allele lagodne, D allel silny
> (to oczywiscie jest teoretyczne, ale mozliwe)
> Chyba, ze dzieci np. AD i BC

Ano wlasnie. (Nie mowiac juz o tym, ze nawet w tym pierwszym przypadku
nalezaloby zalozyc obecnosc az trzech zmutowanych allelow w rodzinie, i to w
dodatku w dosc specyficznym ukladzie, co nie trafia sie zbyt czesto)

> > Mysle, ze troche wiecej (ok. 10-15 zl.?).
>
> Raczej mniej 2-3 zlote. Podlicz zreszta z katalogami w reku.

Wydaje sie to niezbyt realne. Sama Taq polimeraza (2,5 jednostki na reakcje,
a jeszcze przeciez kontrole) to chyba mniej wiecej tyle (jesli nie wiecej,
duzo zalezy oczywiscie od zrodla i wielkosci zamowienia). A jeszcze przeciez
proteinaza K (chyba okolo 1 zl), uzywana do izolacji DNA. Poza tym startery,
akryloamid, agaroza, inne odczynniki dobrej jakosci (Temed, APS, SDS, Tris,
EDTA, EtBr, itp), probowki i koncowki do pipet, oraz pare innych drobnych
rzeczy ktorych nie chce mi sie wyliczac. Obawiam sie, ze w 5 zl mozna by sie
zmiescic tylko przy zastrzezeniu, ze za kazdym razem testujesz okolo
dziesieciu osob jednoczesnie.

> >Duzo zalezy od tego, ile badan sie
> > wykonuje.
> >A wiec koszty materialow i robocizny w przeliczeniu na
> > probke ulegaja wtedy zwielokrotnieniu.
>
> Bez przesadyzmu.

Nie widze tu zadnej przesady. Naprawde nie widzisz roznicy miedzy kosztem
przetestowania dziesieciu pacjentow za jednym razem (jeden PCR, jedna
elektroforeza w zelu agarozowym, jedna PAGE, jedno zdjecie) a robieniem tego
np. w pieciu rzutach po dwoch pacjentow. I nie chodzi tu tylko o koszty
odczynnikow czy zuzycie sprzetu (chociaz to tez ma swoja cene), ale przede
wszystkim o robocizne.


>To ze rozne osrodki biora podobnie, znaczy tylko tyle ze
> sie miedzy soba komunikuja (werbalnie lub niewerbalnie, lub po prostu
> dostosowuja do istniejacego ukladu - nic ponadto).

To nie jest przekonujace wyjasnienie. Gdyby tak bylo rzeczywiscie, to kto
powstrzymalby prywatne zachodnie (chociazby amerykanskie) firmy od
oferowania takich testow po wielokrotnie nizszych cenach (co jak sugerujesz
byloby wciaz finansowo oplacalne) i latwego zmonopolizowania rynku
diagnostyki molekularnej? Bo mam nadzieje, ze nie myslisz powaznie o
ogolnoswiatowym spisku genetykow?

> Powraca wiec temat kalkulacji ekonomicznej i tego co sie oplaca. Dla mnie
> oznacza to po prostu jedno - bardzo wiele wyliczen jest branych z sufitu i
> systemowi jakos to nie szkodzi.

Nie pozostaje Ci nic innego, jak zalozyc mala firme, ktora bedzie oferowala
badania genetyczne po konkurencyjnej cenie ok 10 zl. Moglbys np. wygrac
przetarg jaki moglby byc (powinien byc?) ogloszony w przypadku wprowadzenia
ogolnopolskiego przesiewu. Wystarczy, ze wynajmiesz nieduzy lokal (chociaz w
W-wie to wciaz niemale pieniadze) zatrudnisz jednego lub dwoch laborantow i
pielegniarke (zakladam, ze za sekretarke sam mozesz robic), zakupisz maszyne
do PCR, duza wirowke, jedna lub dwie male wirowki, kilka aparatow do
elektroforezy (agarozowej i PAGE), zasilacze do elektroforezy, system do
dokumentacji danych lub tanszy aparat Polaroida (ale licz sie ze znacznie
wiekszymi wydatkami na film), transiluminator UV, meble (stoly
laboratoryjne), jeden lub dwa komputery, lodowke, zamrazarke, szklo
laboratoryjne, oraz wszystkie potrzebne odczynniki i materialy (gdybys nie
ograniczal sie do przesiewu, to musialbys jeszcze wydac pare zlotych na
reklame). O pieniadze na rozruch firmy chyba nie musisz sie martwic. Z takim
busines-planem i widokiem na duze zyski (mozesz ew. podniesc cene do 20-30
zl, wtedy zyski osiagna kilkaset procent nakladow) mozesz liczyc na to, ze
banki beda sie zabijac o Ciebie. Pozostaje mi tylko zyczyc powodzenia. (I
nie zapomnij w przyszlosci wspomoc finansowo swojego ubogiego kolegi, ktory
podsunal Ci ten genialny pomysl, ale nie starczylo mu wiary, zeby go
zrealizowac)

> > Jesli chodzi o skomplikowanie techniczne, to nie jestem pewien.
>
> A ja jestem.

Przedstaw wiec moze cala procedure, i wtedy to porownamy. (Czy uwazasz moze
moje poprzednie uwagi za bezpodstawne?)

> > Mowiles nawet, ze czestosc pieciu mutacji w Polsce przekracza 80%, tylko
> jak
> > dotad nie podales zadnych przykladow i konkretnych liczb.
>
> delF508, del exo2-3, 3849+10, G542X, N1303K, 1717-1-GA lacznie chyba ok.
70%

Po pierwsze, to jest szesc mutacji a nie piec. Po drugie, znam tylko jedna
prace, w ktorej testowano te szesc mutacji jednoczesnie (Aznarez i wsp.,
2000, Med. Wieku Rozwoj., IV(2):149) i ich ogolna czestosc wynosila tam
65,5%, a dla pieciu najczestszych 63,6%. Daleko nawet do 70%, nie mowiac juz
o 80%.

Pozdrawiam,

Michal