On Thu, 22 Nov 2001 13:38:57 +0100, Lech Trzeciak
<l...@i...gov.pl> wrote:


>1) przewidujemy, że do uzyskania danego efektu trzeba zablokować czynność
>określonego białka (nie jakiegoś przypadkowego, a określonego),

Musimy je znać. A co jak nie znamy ? Lub ma 2 izoformy, lub podlega
złożonym modyfikacjom potransklacyjnym ? Trzeba znać wszystkie
możliwości. Sprawa się komplikuje.

>2) badamy to białko (techniki są znane i wypróbowane od lat, a rozwijają się
>nowe coraz lepsze),

To naturalne, kiedy się ma białko !!!! Patrz wyżej.


>3) określamy jego strukturę (jak poprzednio),

Pewnie. A jak nie chce wykrystalizować?, lub jest za duże na NMR ?
Będziesz przewidywał strukturę drugo - trzeciorzędową za pomocą
algorytmów statystycznych? Bawiłem się w to na studiach - nie działa
:)))

>4) tworzymy inhibitor (to nie jest losowe badanie wszystkiego co się da) -
>można stosować określone metody oparte o zbadane zjawiska biologiczne - np.
>bilioteki peptydów, biblioteki peptydów na fagach, biblioteki przeciwciał
>ciężkołańcuchowych, macierze peptydowe, biblioteki aptamerów, łączyć to z
>mutagenezą i selekcją lepszych klonów.

Wyszedłeś z założenia w powyższych metodach, że inhibitor, czy inny
czynnik będzie PROSTYM białkiem lub polipeptydem. Musimy znać jego
potencjalną wielkość, zgrubną strukturę i poza tym opisanymi wcześniej
metodami to jest właśnie losowe szukanie wszystkiego co się da. W
pewnym ograniczony, ale dość dużym zakresie. Powiedz że nie :))) A co
kiedy czynnik będzie potrzebował reszty cukrowej na przykład ?


> Można wyjść od przypadkowo odkrytych
>związków chemicznych i je udoskonalać (chemicy wiedzą lepiej, jak to robić).

Szacuneczek dla organików. Bardzo ich cenię, ale nawet oni musza mieć
te przypadkowo odkryte leki. Skąd ? Bo ktoś, kiedyś, coś spróbował
podać choremu z konkretnymi objawami.:))) Czyli znowu wracamy do
starych dobrych metod prób i błędów.

>Można wreszcie próbować projektować je komputerowo (to rzeczywiście najmniej
>skuteczna metoda, ale już pewne sukcesy ma!).

Ma, ma. Pewnie sam się tym interesujesz, skoro taki na to kładziesz
nacisk.

Weź pod uwagę praco- i czasochłonność podanych przez Ciebie metod. O
pieniądzach nie wspominam.


>> Ostatnio słyszeliśmy doniesienia o poznaniu sekwencji
>> jednego z ludzkich chromosomów - i co z tego ? To
>> tak jakby facet rozróżniający cztery literki znalazł książkę.
>
>Nie całkiem tak. Nie jeden chromosom, a prawie cały genom. I nie chodzi tylko o
>ten jeden genom, ale o parędziesiąt innych genomów także. Korzyści z tego jest
>wiele, wyliczę parę: 1) nie ma potrzeby żmudnego klonowania całości nowo
>odkrytego genu - wystarczy sięgnąć do bazy

To jest właśnie to, co tak naprawdę uzyskaliśmy. Bazę danych. I
niewiele więcej. Zdążymy zsekwencjonować wszystkie nasze chromosomy,a
nawet może jeszcze dużo więcej organizmów zanim dowiemy się co tak
naprawdę tkwi w tym pierwszym, zsekwencjonowanym naszym chromosomie.
OK. Znamy cztery literki i początek alfabetu, ale nie wiemy jak się te
literki z alfabetu wymawia :)))

>2) poznanie genomu umożliwia rozwój
>technik całościowego monitorowania genomu, transkryptomu (słynne "chipy" DNA)
8<
........
8<
>cująca z bioinformatykami z naszego instytutu przekonała
>się o tym osobiście: przewidzieli funkcję kodowanego przez dany gen białka, a
>nawet wskazali aminokwasy, których wymutowanie powinno inaktywować białko - i
>to się potwierdziło w badaniach biochemicznych.

Bez urazy, ale to by było wydarzenie, kiedy by wskazali aminokwasy
które trzeba wymienić, żeby ZMIENIĆ lub ZWIĘKSZYĆ aktywność białka.
Pokaż mi cząsteczkę jakiegoś enzymu, wtedy też Ci powiem jak go zepsuć
:)) I nie potrzebuję wyższego stopnia wtajemniczenia. Przypominam, że
my chcemy poprawiać.


> Na razie nie jest to możliwe w
>każdym przypadku, ale to, że w ogóle jest możliwe, znacznie przyspiesza nasze
>poznawanie biologii. Oczywiście szereg badań nadal odbywa się metodami
>biologicznymi.

Cóż. Optymista z Ciebie.

BTW. Czym się zajmujesz w swoim labie, bo jak się domyślam nie jesteś
z wykształcenia lekarzem.Raczej biochemikiem-optymistą :)))
--
Pozdrowienia

Tomek