Użytkownik "Cezary Zekanowski" <c...@w...com.pl> napisał w
wiadomości news:9q29ei$sn9$1@pippin.nask.waw.pl...

> > > A wiec po co wykonuje sie test DNA, skoro taka sama range
nadaje sie
> > > powtorzonemu testowi IRT?
> > Po to aby wykryc CF u dzieci u ktorych nie wykryto mutacji.
Nawet
> > gdyby wykonywano test na 30 mutacji to nadal drugi test IRT
bylby
> > zabezpieczeniem dla przypadkow w ktorych nie wykryto
jakiejkolwiek
> > mutacji.
> Patrzac na fenotyp zobaczec mozna czesto wiecej niz na DNA
(zwlaszcza gdy
> patrzy sie przez okulary metod rutynowych).

Zgadzam sie. Ale czy naprawde uwazasz, ze moge to traktowac jako
odpowiedz na moje pytanie? (przeczytaj je, prosze, jeszcze raz)

> Wracajac do mozliwych bledow w oznaczeniu homozygot delF508 moge
sobie
> wyobrazic pomylenie delF508/duza delecja z delF508/delF508.
Pierwszy
> genotyp w dowolnym tescie PCR nie bylby rozroznialny od drugiego.
Moze te
> pierwsze (jesli istnieja) prezentuja postac silniejsza od
homozygoty? Czy w
> populacji polskiej badano kiedys mozliwe wystepowanie duzych
delecji w CFTR?

Zaraz po wprowadzeniu testu na delF508, przez kilka lat badano
zawsze rodzicow zidentyfikowanych homozygot (w przypadku takiej
delecji, jedno z rodzicow nie mialoby delF508). Jedyny przypadek na
jaki trafiono w ten sposob dotyczyl disomii jednorodzicielskiej (nie
liczac przypadkow watpliwego ojcostwa, co weryfikowano odpowiednim
testem).

> Oczywiscie dla potrzeb testu przesiewowego oba genotypy sa
rownowazne.

Zgadza sie.

> Jesli chodzi o amerykanska pracke in press nie wiedzialem, ze
wykluczono
> sprzezenie z CFTR. To bardzo interesujace. Czy wiesz Michale z
jakim
> rejonem którego chromosomu obserwowano zwiazek?

Na razie nawet tego nie badano (za malo rodzin, u ktorych mozna bylo
wykonac analize sprzezen, i trzeba by dysponowac dosc jednolita
fenotypowo grupa, u ktorej mozna by podejrzewac takie samo podloze
molekularne - np. tylko takie przypadki gdzie obserwuje sie objawy
plucne i trzustkowe, a chlorki sa w normie lub graniczne). Jak juz
pisalem, brak sprzezenia z regionem CFTR nie bylo jedyna podstawa do
wyciagniecia przedstawionego wniosku. Dodatkowa przeslanka byly
proporcje miedzy genotypami mut/mut, mut/? i ?/? w grupie pacjentow
z tzw. nietypowym CF.

> Zreszta, to stary dylemat: po to by poznac trzeba odgraniczyc, a
po to by
> odgraniczyc - trzeba poznac. Mysle, ze przesiew jest szansa dla
obu stron:
> klinicystow i genetykow lepszego poznania CF.

Zgadzam sie. Dobrze przeprowadzone badanie pilotazowe powinno
przyniesc mnostwo interesujacych informacji.

> Wraca tez pytanie o oszacowanie kosztow testu genetycznego. Po
konsultacji z
> katalogami wydaje mi sie, ze kwota 100 zlotych jest zawyzona. Byc
moze tyle
> kosztowalby test na 4-5 mutacji. Prosze o sprawdzenie.

Trzeba by sprawdzic jak sa uzasadnione koszty tego testu w badaniu
wdrozeniowym. O ile mi wiadomo, genetycy molekularni nie byli
bezposrednio konsultowani przy ocenie kosztow analizy mutacji w
przesiewie. Ale nie sadze, zeby byla to cena zawyzona (a juz chyba
na pewno nie drastycznie). Sprawdzilem jakie sa ceny podobnych badan
(przy uzyciu tej samej techniki) w roznych placowkach polskich i
zagranicznych (moze nie wszystkie ceny sa aktualne):

1)Centrum Zdrowia Dziecka w W-wie
-ustalanie plci plodu technika PCR - 193 zl
(powinien to byc test tanszy bo nie wymaga PAGE, a jedynie agarozy,
o ile jest to test na amelogenine - a tak podejrzewam)

2)IPN w Warszawie
-oznaczanie plci plodu (jw.) - 180 zl

3)Zaklad Genetyki w Szzecinie
-powielanie DNA metoda PCR - 40 zl
(sama reakcja PCR, bez izolacji DNA, elektroforzy, dokumentacji
fotograficznej i interpretacji wyniku)

4)Johns Hopkins Hospital, Baltimore, USA
-najtanszy test z uzyciem PCR - 75$ (ok. 320 zl)
(rozne choroby, pojedyncze mutacje)
-test (paskowy) na 16 mutacji w CFTR - 100$ (ok. 420zl)
(w IMiD podobny test kosztuje obecnie 280 zl)

Mam jeszcze dane z Hospital for Sick Children w Toronto (Kanada),
gdzie przedstawione sa koszty poszczegolnych etapow testow na CF
(podaje po angielsku, zgodnie z oryginalem; ceny w dolarach
kanadyjskich):

DNA extraction:
specimen handling and reporting - 25
specimen preparation: blood - 7
DNA extraction (Qiagen-manual) - 10
DNA quantitation - 6

PCR (7PCRs/sample, 10 samples/batch, 8 gels/ batch)
PCR - 42
restriction enzyme digest - 35
PAG - non sequencing - 25.6
electrophoresis - PAG - 6
wash-up, clean-up - 7
staining gel - 1.6
photography - 5.6
data analysing & checking (check 2x) - 63

QC (1 blank & 2controls/PCR)
PCR - 1.8
restriction enzyme digest - 10.5
electrophoresis - PAG - 12.6
electrophoresis - 100 bp ladder - 4.2

Co daje razem 263 dolarow kanad. na 1 probke.
W przypadku delF508 bylaby inna (raczej tansza, ale jednak troche
kosztujaca) metoda ekstrakcji DNA (z krwi na bibule), nie byloby tez
trawienia enz. restr., wiec wyszloby troche taniej. Powinno ci to
dac przyblizone pojecie o kosztach poszczegolnych elementow testu.

Pozdrawiam,

Michal