Tym razem ja wyslalem sie wylacznie prywatnie. Ponawiam zatem publicznie.


Jeszcze po nocy pare uwag, mam nadzieje ze zgodnych z tym, co pisalem rano.


> > Pytam dlatego, bo potem podajesz wyliczenia procentowe dla grupy
> 576
> > chorych, sposrod ktorych u 74 nie znaleziono zadnej mutacji. Zatem
> 35.4%
> > homozygot delF508/delF508 tylko dla calej grupy. Jesli odliczysz
> owe 74
> > osoby z klinicznym rozpoznaniem CF a nie zdiagnozowane
> genetycznie, to
> > procent homozygot wynosi 40.6%.
>
> To i tak jest nadal wyraznie ponizej 56% uzyskanych w badaniu
> pilotazowym.
> Poza tym, jaka mamy podstawe do tego, zeby stwierdzic, ze osoby z
> objawami klinicznymi CF, u ktorych w badaniu rutynowym nie
> znaleziono zadnej mutacji, nie maja CF.

Ja tego nie twierdze. Po prostu podliczam ilosc homozygot, tak jak Ty to
robiles w odniesieniu do grupy pilotazowej.
Jezeli doliczyc mozliwe zwiekszenie delF508 w wyniku smiertelnosci - to byc
moze bilans wyjdzie na zero.


Sa wyniki badan w Stanach
> (jeszcze nie opublikowane), ktore wskazuja na to, ze ok. 90%
> pacjentow, u ktorych nie wykryto zadnej mutacji po sekwencjonowaniu
> calego genu (tj. eksonow), to osoby, u ktorych za chorobe
> odpowiedzialny jest inny nieznany gen (lub kilka roznych genow). Ale
> to dopiero po sekwencjonowaniu, ktore pozwala zwiekszyc wykrywalnosc
> mutacji nawet o kilkanascie procent.

Tego, czy odpowiada za te przypadki CF inny gen, nie da sie wykazac
sekwencjonowaniem tylko eksonow, a analiza sprzezen. Mutacje moga byc w
intronach, w 3'UTR (ostatnio to modne), w obszarach regulatorowych... Jakbym
byl lepszym biologiem molekularnym, to moglbym jeszcze troche powyliczac.
:-)


Pozostaje przy tym pytanie o
> definicje CF. Jesli uznamy, ze termin ten dotyczy jedynie
> okreslonego zespolu objawow, ktore wywolane sa wylacznie mutacjami w
> CFTR, to wtedy rzeczywiscie mozna by zalozyc, ze kilka procent
> pacjentow, ktorych dzisiaj diagnozujemy jako CF, cierpi na inna
> podobna chorobe.

Pelna zgoda. Sa nawet pewne wskazowki wynikajace wlasnie z badan IRT - ale o
tym jutro.

> Pacjent ze
> zdiagnozowanym klinicznie CF u ktorego nie wykryto delF508,
> pozostaje nadal pacjentem z CF. Natomiast dziecko poddane
> przesiewowi, u ktorego nie wykryto tej samej mutacji jest niemalze
> automatycznie klasyfikowane jako dziecko bez CF (jesli test na
> delF508 uzywany jest do zawezania grupy badanych dzieci po IRT, a
> przed ostatecznym testem potowym). Stad nieuchronnosc otrzymywania
> wynikow falszywie ujemnych przy stosowaniu testu na wybrane mutacje
> (jak elementu zawezajacego).

Wszystko zalezy od tego, jaka role przyznaje sie diagnostyce molekularnej.
Znow traktujesz ja jako rozstrzygajaca.

>
> > Wykazano, ze znacząca grupa zarejestrowanych chorych, az 33%, nie
> została
> > poddana badaniom molekularnym. Proba analizy tej obserwacji
> zostanie
> > przeprowadzona w innej pracy."
> > W zwiazku z tym czy widzisz mozliwosc porownywania obu grup?
>
> Nie mam wynikow dla tej samej populacji, ktore by w znaczacy sposob
> odbiegaly od tych danych. Podobne wyniki (jesi chodzi o czestosc
> delF508) byly wczesniej opublikowane na materiale ZGCz z Poznania
> oraz IMiD, Witt i wsp. (1997) Pediatria Polska, LXXII, 8:665.

Bo grupa byla dobierana na analogicznych zasadach. Sam wiesz najlepiej, ze w
diagnostyce molekularnej najwazniejsza jest dobra charakterystyka kliniczna
grupy. Np. u chorych z otepieniem czolowo skroniowym w zaleznosci od tego
jak klinicznie ojkresli sie grupe ilosc mutacji w genie MAPT moze sie wahac
od kilkunastu do kilkudziesieciu.

>
> > Wydaje mi sie, ze zadna z mutacji 8 poszukiwanych testem Innolipa
> oraz 2
> > dodatkowo "na piechote" w grupie 170 osob nie jest mutacja
> lagodna.
>
> No wlasnie, wiec dlaczego powinnismy liczyc na to, ze analizujac te
> mutacje w badaniu przesiewowym wykryjemy postaci lagodne?

Nie bardzo rozumiem. Skoro nie badano, to nie wykrytu. Jakby poszukano (jak
w Szwecji) to moze by znaleziono.
>
> > Moze
> > wiec postaci lagodne pozostaja niezdiagnozowane genetycznie?
>
> Zapewne, przynajmniej czesc z nich, o czym juz wczesniej pisalem.

Ja tez pisalem. Pewno nie zauwazzyles.

>
> > Wydaje mi sie tez racjonalne prowadzenie testu potowego u dzieci u
> ktorych
> > nie znaleziono mutacji, a wyniki podwojnego testu IRT sa
> podwyzszone.
>
> Czy takie dzieci klasyfikowano by jako CF?
A niby dlaczego nie? Wstepnie na pewno,. A jesli lekarz postawi takie
rozpoznanie na podstawie testu poptoweg i obserwacji klinicznej, to co
mozesz zrobic?

Z postu Ryszarda wynika, ze tak. W takim razie, po co w ogole badac mutacje?
Przeciez wynika
> z tego, ze sam wynik IRT otrzymany w dwoch niezaleznych
> eksperymentach, plus test potowy, wystarcza do zdiagnozowania CF.

To zostalo juz kilka razy wyjasnione.


> Oczywiscie, przydalyby se jeszcze liczby dotyczace wiarygodnosci
> takiego testu. To wszystko trzeba najpierw zbadac, zanim wprowadzi
> sie przesiew ogolnopolski.
Mozna odniesc sie do literatury. To juz robiono. Nie odkrywajmy Ameryki pod
poduszka.


>
> > Pisales, ze nie bylo dokladnych badan czestosci CF w Polsce - moze
> to jest
> > kolejna z przyczyn roznicy wynikow. Nie umiem tego ocenic.
>
> Wiec dlaczego w ramach przygotowan do wprowadzenia badan
> przesiewowych nie wykonano takich badan. Przeciez sa one wlasciwie
> niezbedne do weryfikacji wyniku pilotazu.

No, to moze raczej zapytajmy sie dlaczego genetycy nie przeprowadzili takich
badan, skoro wiedzieli (z literatury) o mozliwym wplywie smiertelnosci na
czestosc mutacji?


> > Kolejna sprawa: czy wszystkie homozygoty delF508 zidentyfikowane w
> > przesiewie za pomoca PCR z plam krwi byly potwierdzone z krwi
> obwodowej? Gdy
> > kiedys bawilem sie przy sekwencjonowaniu w izolacje DNA z plam,
> mialem pewne
> > problemy.
>
> Mysle, ze to nie jest problem, jesli uzywa sie testu paskowego. U
> homozygoty nie tylko pojawia sie prazek odpowiadajacy mutacji, ale
> znika tez prazek odpowiadajacy allelowi dzikiemu.

No wlasnie o to pytam. Jesli nie amplifikuje sie z jakis wzgledow allel
prawidlowy, to masz homozygote, choc w rzeczywistosci jest to heterozygota.
Test paskowy nic tu nmie wyjasnia. Tym bardziej ze jest to multipleksowy
PCR, a ten bywa chimeryczny.


> > Czulosc testu zalezy od dokladnej standaryzacji IRT i czestosci
> mutacji.
> > IMHO badanie 1 mutacji w warunkach polskich to za malo. W Szwecji:
> delF508
> > 68.3% czyli przynajmniej jedna delF508 znajdowana u 90% chorych. W
> Polsce
> > podobny odsetek dawaloby poszukiwanie 4-5 najczestszych mutacji
>
> Nawet 4-5 nie wystarczy. To jest jedna z przyczyn dla ktorych
> skutecznosc i koszty badania przesiewowego w Polsce trudno
> porownywac do podobnych badan w innych krajach.

4-5 w Polsce = 1 w Szwecji.
Co do kosztow, to mozna je minimalizowac. Np. test na delF508 naprawde
kosztuje grosze.

>
> > Mnie wydaje sie tez wazny element kontaktu z lekarzem grupy dzieci
> o
> > podwyzszonym ryzyku CF. Test genetyczny nie jest w moim rozumieniu
> > rozstrzygajacy, lecz pomocniczy.
>
>
> Musimy sie wiec zdecydowac. Stosujemy ten test genetyczny, czy nie.
> I w jakiej formie?

Przeczytaj schemat przesiewu.

> >W pewnym miejscu sugerowales
> > (opierajac sie na czestosci 1:2500), ze test przepuszcza 50%
> przypadkow CF.
>
> To po prostu trzeba zweryfikowac. A dopoki nie mamy tej weryfikacji,
> mamy tylko przypuszczenia.
Przypuszczenia tez powinny byc zakotwiczone w rzeczywistosci.


> Wszyscy zdaja sobie sprawe z tego, ze ten przesiew jest dziurawy.
> Nie wiemy tylko dokladnie, jak bardzo. Zeby to tak naprawde ocenic,
> potrzebne jest pewnie przynajmniej 10-15 lat monitorowania wynikow w
> jakiejs populacji regionalnej.

Mysle, ze to wyjasni sie w ciagu max 2 lat. Sredni czas diagnozy CF nie
wynosi 15 lat.

Pozdrawiam
Czarek





--
Wysłano z serwisu OnetNiusy: http://niusy.onet.pl