Wczoraj wyslalem omylkowo dwa posty na konto Czarka zamiast na grupe.
Powtarzam je wiec dzisiaj, (pomimo tego, ze troszke sie juz
zdezaktualizowaly).

----- Original Message -----
From: Cezary Zekanowski <c...@w...com.pl>
Newsgroups: pl.sci.biologia,pl.sci.medycyna
Sent: Friday, October 05, 2001 11:21 PM
Subject: Re: mukowiscydoza

> Czy u wszystkich chorych wylapanych w pilotazu znaleziono
przynajmniej jedna
> mutacje?

Nie jest to chyba pytanie (a takze kilka nastepnych) skierowane
bezposrednio do mnie, bo nie wiem niestety do konca jaka byla
strategia diagnozowania CF w tych badaniach. Podejrzewam, ze
odpowiedz jest dosyc skomplikowana. Postaram sie nawiazac do tego w
innym poscie, nawiazujac do wypowiedzi Ryszarda.

> Pytam dlatego, bo potem podajesz wyliczenia procentowe dla grupy
576
> chorych, sposrod ktorych u 74 nie znaleziono zadnej mutacji. Zatem
35.4%
> homozygot delF508/delF508 tylko dla calej grupy. Jesli odliczysz
owe 74
> osoby z klinicznym rozpoznaniem CF a nie zdiagnozowane
genetycznie, to
> procent homozygot wynosi 40.6%.

To i tak jest nadal wyraznie ponizej 56% uzyskanych w badaniu
pilotazowym.
Poza tym, jaka mamy podstawe do tego, zeby stwierdzic, ze osoby z
objawami klinicznymi CF, u ktorych w badaniu rutynowym nie
znaleziono zadnej mutacji, nie maja CF. Sa wyniki badan w Stanach
(jeszcze nie opublikowane), ktore wskazuja na to, ze ok. 90%
pacjentow, u ktorych nie wykryto zadnej mutacji po sekwencjonowaniu
calego genu (tj. eksonow), to osoby, u ktorych za chorobe
odpowiedzialny jest inny nieznany gen (lub kilka roznych genow). Ale
to dopiero po sekwencjonowaniu, ktore pozwala zwiekszyc wykrywalnosc
mutacji nawet o kilkanascie procent. Pozostaje przy tym pytanie o
definicje CF. Jesli uznamy, ze termin ten dotyczy jedynie
okreslonego zespolu objawow, ktore wywolane sa wylacznie mutacjami w
CFTR, to wtedy rzeczywiscie mozna by zalozyc, ze kilka procent
pacjentow, ktorych dzisiaj diagnozujemy jako CF, cierpi na inna
podobna chorobe.


> Wydaje mi sie mi sie, ze osoby "bez mutacji" w obu grupach znacza
co innego.

Jest to oczywiste, i w tym wlasnie caly problem. Pacjent ze
zdiagnozowanym klinicznie CF u ktorego nie wykryto delF508,
pozostaje nadal pacjentem z CF. Natomiast dziecko poddane
przesiewowi, u ktorego nie wykryto tej samej mutacji jest niemalze
automatycznie klasyfikowane jako dziecko bez CF (jesli test na
delF508 uzywany jest do zawezania grupy badanych dzieci po IRT, a
przed ostatecznym testem potowym). Stad nieuchronnosc otrzymywania
wynikow falszywie ujemnych przy stosowaniu testu na wybrane mutacje
(jak elementu zawezajacego).

> Wykazano, ze znacząca grupa zarejestrowanych chorych, az 33%, nie
została
> poddana badaniom molekularnym. Proba analizy tej obserwacji
zostanie
> przeprowadzona w innej pracy."
> W zwiazku z tym czy widzisz mozliwosc porownywania obu grup?

Nie mam wynikow dla tej samej populacji, ktore by w znaczacy sposob
odbiegaly od tych danych. Podobne wyniki (jesi chodzi o czestosc
delF508) byly wczesniej opublikowane na materiale ZGCz z Poznania
oraz IMiD, Witt i wsp. (1997) Pediatria Polska, LXXII, 8:665.

> Wydaje mi sie, ze zadna z mutacji 8 poszukiwanych testem Innolipa
oraz 2
> dodatkowo "na piechote" w grupie 170 osob nie jest mutacja
lagodna.

No wlasnie, wiec dlaczego powinnismy liczyc na to, ze analizujac te
mutacje w badaniu przesiewowym wykryjemy postaci lagodne?

> Moze
> wiec postaci lagodne pozostaja niezdiagnozowane genetycznie?

Zapewne, przynajmniej czesc z nich, o czym juz wczesniej pisalem.

> Wydaje mi sie tez racjonalne prowadzenie testu potowego u dzieci u
ktorych
> nie znaleziono mutacji, a wyniki podwojnego testu IRT sa
podwyzszone.

Czy takie dzieci klasyfikowano by jako CF? Z postu Ryszarda wynika,
ze tak. W takim razie, po co w ogole badac mutacje? Przeciez wynika
z tego, ze sam wynik IRT otrzymany w dwoch niezaleznych
eksperymentach, plus test potowy, wystarcza do zdiagnozowania CF.
Oczywiscie, przydalyby se jeszcze liczby dotyczace wiarygodnosci
takiego testu. To wszystko trzeba najpierw zbadac, zanim wprowadzi
sie przesiew ogolnopolski.

> Pisales, ze nie bylo dokladnych badan czestosci CF w Polsce - moze
to jest
> kolejna z przyczyn roznicy wynikow. Nie umiem tego ocenic.

Wiec dlaczego w ramach przygotowan do wprowadzenia badan
przesiewowych nie wykonano takich badan. Przeciez sa one wlasciwie
niezbedne do weryfikacji wyniku pilotazu.


> Kolejna sprawa: czy wszystkie homozygoty delF508 zidentyfikowane w
> przesiewie za pomoca PCR z plam krwi byly potwierdzone z krwi
obwodowej? Gdy
> kiedys bawilem sie przy sekwencjonowaniu w izolacje DNA z plam,
mialem pewne
> problemy.

Mysle, ze to nie jest problem, jesli uzywa sie testu paskowego. U
homozygoty nie tylko pojawia sie prazek odpowiadajacy mutacji, ale
znika tez prazek odpowiadajacy allelowi dzikiemu.

> Czulosc testu zalezy od dokladnej standaryzacji IRT i czestosci
mutacji.
> IMHO badanie 1 mutacji w warunkach polskich to za malo. W Szwecji:
delF508
> 68.3% czyli przynajmniej jedna delF508 znajdowana u 90% chorych. W
Polsce
> podobny odsetek dawaloby poszukiwanie 4-5 najczestszych mutacji

Nawet 4-5 nie wystarczy. To jest jedna z przyczyn dla ktorych
skutecznosc i koszty badania przesiewowego w Polsce trudno
porownywac do podobnych badan w innych krajach.

> Mnie wydaje sie tez wazny element kontaktu z lekarzem grupy dzieci
o
> podwyzszonym ryzyku CF. Test genetyczny nie jest w moim rozumieniu
> rozstrzygajacy, lecz pomocniczy.


Musimy sie wiec zdecydowac. Stosujemy ten test genetyczny, czy nie.
I w jakiej formie?

> Piszesz, ze wiesz o przynajmniej 2 dzieciach nie zidentyfikowanych
w tescie
> (o genotypie homo delF508) czy znaczy to, ze doliczajac te dzieci
czestosc
> homozygot jeszcze bardziej rosnie?

Nic nie pisalem o liczbie tych dzieci ani o ich konkretnym
fenotypie. Ale postaram sie znalezc informacje na ten temat.

>Czyli, ze spodziewasz sie jeszcze wiecej
> nie wykrytych przypadkow (delF508?inna silna)?

Spodziewam sie na pewno "zgubionych" przypadkow z jedna delF508.
Klasyfikacja silna-slaba nie zawsze jest taka oczywista w przypadku
CFTR. Sa np. mutacje zwiazane zawsze z objawami plucznymi lub tez
brzusznymi. Na pewno jakas role odgrywaja tu tez inne geny
(modyfikujace).

>W pewnym miejscu sugerowales
> (opierajac sie na czestosci 1:2500), ze test przepuszcza 50%
przypadkow CF.

To po prostu trzeba zweryfikowac. A dopoki nie mamy tej weryfikacji,
mamy tylko przypuszczenia.

> Wydaje mi sie, ze jezeli tak jest, to w ciagu roku-dwu (a moze
nawet juz)
> zostanie to zweryfikowane empirycznie. I zapewno mozna bedzie sie
spodziewac
> paru procesow z powodztwa cywilnego.

Nie sadze. Test przesiewowy w kierunku CF przeciez nie aspiruje do
roli narzedzia wykrywajacego 100% przypadkow mukowiscydozy. Wiec nie
mozna nikogo oskarzac o niewywolanie sie z takiej obietnicy.
Wszyscy zdaja sobie sprawe z tego, ze ten przesiew jest dziurawy.
Nie wiemy tylko dokladnie, jak bardzo. Zeby to tak naprawde ocenic,
potrzebne jest pewnie przynajmniej 10-15 lat monitorowania wynikow w
jakiejs populacji regionalnej.

Pozdrawiam,

Michal