WuTomek wrote:


> Ja niestety nie jestem takim optymistą - medycyna konwencjonalna to
> głównie nauka na sukcesach i porażkach. Bioinformatyka to pieśń
> dalekiej przyszłości. W tej chwili staramy się opisać pewne
> makrocząsteczki i porównujemy je z cząsteczkami zbadanymi empirycznie.
> Jeśli wyniki się zgadzają - to super,metoda jest OK. Ale często metody
> dotyczą tylko wąskiej grupy cząsteczek i to niewielkich.
> Bioinformatyka przybliża nam cel - tak naprawdę to oczekujemy od niej,
> żeby wytyczała nam do niego drogę - długo na to poczekamy.





> Chociażby dlatego, że do dzisiaj nie znamy wielu mechanizmów procesów
> zachodzących w naszym organiźmie.

Tak, bardzo wielu. Skoro kompletnie nie znamy funkcji co najmniej 50% białek
ludzkich, skoro wiele białek ma więcej niż jedną funkcję, skoro dany efekt
biologiczny jest najczęściej wypadkową działania kilkunastu czy kilkudziesięciu
białek - to widać, jak niewiele wiemy. Niemniej ta niewielka wiedza pozwala
racjonalnie rozwijać metody leczenia - np.

1) przewidujemy, że do uzyskania danego efektu trzeba zablokować czynność
określonego białka (nie jakiegoś przypadkowego, a określonego),
2) badamy to białko (techniki są znane i wypróbowane od lat, a rozwijają się
nowe coraz lepsze),
3) określamy jego strukturę (jak poprzednio),
4) tworzymy inhibitor (to nie jest losowe badanie wszystkiego co się da) -
można stosować określone metody oparte o zbadane zjawiska biologiczne - np.
bilioteki peptydów, biblioteki peptydów na fagach, biblioteki przeciwciał
ciężkołańcuchowych, macierze peptydowe, biblioteki aptamerów, łączyć to z
mutagenezą i selekcją lepszych klonów. Można wyjść od przypadkowo odkrytych
związków chemicznych i je udoskonalać (chemicy wiedzą lepiej, jak to robić).
Można wreszcie próbować projektować je komputerowo (to rzeczywiście najmniej
skuteczna metoda, ale już pewne sukcesy ma!).


> Ostatnio słyszeliśmy doniesienia o poznaniu sekwencji
> jednego z ludzkich chromosomów - i co z tego ? To
> tak jakby facet rozróżniający cztery literki znalazł książkę.

Nie całkiem tak. Nie jeden chromosom, a prawie cały genom. I nie chodzi tylko o
ten jeden genom, ale o parędziesiąt innych genomów także. Korzyści z tego jest
wiele, wyliczę parę: 1) nie ma potrzeby żmudnego klonowania całości nowo
odkrytego genu - wystarczy sięgnąć do bazy 2) poznanie genomu umożliwia rozwój
technik całościowego monitorowania genomu, transkryptomu (słynne "chipy" DNA)
czy proteomu - za tymi nazwami kryje się możliwość (granicząca z pewnością)
wykrycia wszystkich efektów i mechanizmów działania danego bodźca na poziomie
komórki - kiedyś robiono to na chybił trafił, teraz na skalę całego genomu. To
tak, jak granie w totolotka metodą obstawiania poszczególnych liczb, albo przez
obstawienie wszystkich kombinacji liczb na raz - koszty większe, ale szansa
sukcesu wzrasta do 100%. 3) przez 'bioinformatyczne' analizy porównawcze można
stawiać hipotezy co do roli danego genu i je weryfikować eksperymentalnie.
Przykładów na skuteczność takiego podejścia jest bardzo wiele. Ostatnio moja
przyjaciółka współpracująca z bioinformatykami z naszego instytutu przekonała
się o tym osobiście: przewidzieli funkcję kodowanego przez dany gen białka, a
nawet wskazali aminokwasy, których wymutowanie powinno inaktywować białko - i
to się potwierdziło w badaniach biochemicznych. Na razie nie jest to możliwe w
każdym przypadku, ale to, że w ogóle jest możliwe, znacznie przyspiesza nasze
poznawanie biologii. Oczywiście szereg badań nadal odbywa się metodami
biologicznymi.

Leszek