Witaj Michale (oraz pozostali, znudzeni czytelnicy)!

Jak rozumiem przenieslismy sie z tematu zasadniczej zasadnosci testu IRT
(jest stosowany w wielu krajach, wydaje sie oplacalny - tego zdaje mi sie
nikt w dyskusji nie podwazyl), na grunt Polski. Czyli dyskusja o tym czy
wykonanie jego w naszych warunkach jest dobre.

Jak rozumiem opierasz sie na pracy dostepnej np. w:
http://www.mp.pl/muko/nauka/tem01.htm

Otoz

Czy u wszystkich chorych wylapanych w pilotazu znaleziono przynajmniej jedna
mutacje?
Piszesz, ze w pierwszym etapie badan analizowano probki od 170 osob
(wyselekcjonowanych na podstawie wyniku IRT) stosujac komercyjny test na 8
mutacji. CZy wszystkie te osoby maja rozpoznanie CF? Jak rozumiem nie. Czy
wszystkie osoby zidentyfikowane w przesiewie maja przynajmniej jedna
mutacje? Czy jest jakas grupa CF+ lecz bez mutacji?
Pytam dlatego, bo potem podajesz wyliczenia procentowe dla grupy 576
chorych, sposrod ktorych u 74 nie znaleziono zadnej mutacji. Zatem 35.4%
homozygot delF508/delF508 tylko dla calej grupy. Jesli odliczysz owe 74
osoby z klinicznym rozpoznaniem CF a nie zdiagnozowane genetycznie, to
procent homozygot wynosi 40.6%.

Wydaje mi sie mi sie, ze osoby "bez mutacji" w obu grupach znacza co innego.
Wszystkie dotad poszukiwania mutacji w IMiD byly prowadzone na grupach
zdiagnozowanych klinicznie. W najgorszym razie z niewielka podgrupa: CF
watpliwy, gdzie nie znajdowano mutacji: moze to wlasnie te postaci bardzo
lagodne? Bo w postaciach atypowych znajdowano jedna.)
(Oczywiscie nadal zasadne pytanie skad roznica w czestosci homozygot.)

Autorzy powyzej zacytowanej pracy pisza: "Przeprowadzono analize danych
zawartych w Polskim Rejestrze Mukowiscydozy pod katem wynikow badan
molekularnych populacji chorych na mukowiscydoze zyjących obecnie w Polsce.
Wykazano, ze znacząca grupa zarejestrowanych chorych, az 33%, nie została
poddana badaniom molekularnym. Proba analizy tej obserwacji zostanie
przeprowadzona w innej pracy."
W zwiazku z tym czy widzisz mozliwosc porownywania obu grup?

Nastepnie: obie grupy zostaly dobrane w zupelnie rozny sposob, z dwoch
roznych koncow. Grupa PRM byla uprzednio zdiagnozowana klinicznie jako CF. W
przypadku grupy z badan przesiewowych jest to probka populacyjna.

Wydaje mi sie, ze zadna z mutacji 8 poszukiwanych testem Innolipa oraz 2
dodatkowo "na piechote" w grupie 170 osob nie jest mutacja lagodna. Moze
wiec postaci lagodne pozostaja niezdiagnozowane genetycznie? (Patrz wyzej.
Sa takze mutacje zwiazane z podwyzszonym IRT i (-) w tescie potowym: R117H,
A455E, 3849+10kb i allel 5T. W prostym tescie gentycznym wychodza jako
nosiciele delF508 z podwyzszonym IRT - stad np. w Szwecji i innych krajach
obserwowano nadmiar heterozygot delF508, ktore po dokladniejszym zbadaniu
okazaly sie posiadac druga mutacje lagodna i do badan wlacza sie np. mutacje
R117H)

Wydaje mi sie tez racjonalne prowadzenie testu potowego u dzieci u ktorych
nie znaleziono mutacji, a wyniki podwojnego testu IRT sa podwyzszone.
Ponadto test genetyczny jest jedna z mozliwosci zawezania grupy badanej. Na
poczatku robiono tylko test potowy. Teraz mysli sie o bialku PAP. To ze nie
znalazo sie mutacji nie musi swiadczyc o niezweryfikowaniu diagnozy CF.

Pisales, ze nie bylo dokladnych badan czestosci CF w Polsce - moze to jest
kolejna z przyczyn roznicy wynikow. Nie umiem tego ocenic.

Kolejna sprawa: czy wszystkie homozygoty delF508 zidentyfikowane w
przesiewie za pomoca PCR z plam krwi byly potwierdzone z krwi obwodowej? Gdy
kiedys bawilem sie przy sekwencjonowaniu w izolacje DNA z plam, mialem pewne
problemy.


Test IRT jest zlozony i obejmuje: ITR, delF508, w przypadku (+) czyli
wykryciu przynajmniej jednej mutacji: kontakt z lekarzem i test potowy
(Wisconsin).

W Australii IRT, delF508, jesli wykryto 1-2 allele test potowy; gdy wartosci
posrednie lub wyzsze i jedna delF508, poszukiwano innych mutacji. Rowniez
dzieci z podwyzszonym IRT bez mutacji (lecz z objawami klinicznymi
sugerujacymi CF) byly wlaczane do badan testem potowym. Podobnie dzieci z
nie podwyzszonym IRT lecz historia rodzinna CF. W Australii niezaleznie od
niekonsekwencji w stosowaniu testu potowego, uzyskiwnaiu wynikow
niepewnych - stanowil od dla lekarza oceniajacego istotna wskazowke.

Czulosc testu zalezy od dokladnej standaryzacji IRT i czestosci mutacji.
IMHO badanie 1 mutacji w warunkach polskich to za malo. W Szwecji: delF508
68.3% czyli przynajmniej jedna delF508 znajdowana u 90% chorych. W Polsce
podobny odsetek dawaloby poszukiwanie 4-5 najczestszych mutacji O
standaryzacji zas nie wiem nic.

Mnie wydaje sie tez wazny element kontaktu z lekarzem grupy dzieci o
podwyzszonym ryzyku CF. Test genetyczny nie jest w moim rozumieniu
rozstrzygajacy, lecz pomocniczy.

Piszesz, ze wiesz o przynajmniej 2 dzieciach nie zidentyfikowanych w tescie
(o genotypie homo delF508) czy znaczy to, ze doliczajac te dzieci czestosc
homozygot jeszcze bardziej rosnie? Czyli, ze spodziewasz sie jeszcze wiecej
nie wykrytych przypadkow (delF508?inna silna)? W pewnym miejscu sugerowales
(opierajac sie na czestosci 1:2500), ze test przepuszcza 50% przypadkow CF.
Wydaje mi sie, ze jezeli tak jest, to w ciagu roku-dwu (a moze nawet juz)
zostanie to zweryfikowane empirycznie. I zapewno mozna bedzie sie spodziewac
paru procesow z powodztwa cywilnego.

Pozdrawiam serdecznie
Czarek